机动车驾驶证被扣留的情形有：累计扣分达到规定分值；饮酒后驾驶机动车；客车、货车超载。

【法律依据】根据《道路交通安全法》第二十四条，公安机关交通管理部门对累积记分达到规定分值的机动车驾驶人；

扣留机动车驾驶证，对其进行道路交通安全法律、法规教育，重新考试；考试合格的，发还其机动车驾驶证。

第九十一条，饮酒后驾驶机动车的，处暂扣六个月机动车驾驶证，并处一千元以上二千元以下罚款。

第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，货运机动车超过核定载质量的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。