公司设立协议与公司章程的区别如下：

1、公司章程是公司必备文件，而公司设立协议则是任意性文件；

2、公司设立协议与公司章程的效力范围不同；

3、公司设立协议与公司章程的效力期限不同；等等。

【法律依据】

《公司法》第十一条规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。