没有办离职手续自行离开公司的，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任，这时用人单位有可能会在工资中扣除所造成的损失。

【法律依据】

《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。