合同补充协议作为合同的一部分，与合同具有同等法律效力。合同是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

【法律依据】《中华人民共和国合同法》第三十二条，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。