程序如下：

1.确定管辖法院。管辖原则以犯罪地为主，居住地为辅。被告单位登记的住所地为其居住地。

2.庭前审查。除了应审查一般事项外，还应审查被告单位的相关情况。需要检察院补充材料的，应当通知检察院在3日内补送。

3.开庭审理。单位犯罪案件，应当通知被告单位的诉讼代表人出庭。

4.审理。

5.补充起诉。对应当认定为单位犯罪的案件，检察院只作为自然人犯罪起诉的，法院应当建议检察院对犯罪单位补充起诉。

6.判决。