公司债权债务纠纷的处理方法如下：

1、协商解决；

2、申请调解；

3、向人民法院提起诉讼。

【法律依据】

《公司法》第三条规定，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。

有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。