公司司机加班,工资计算方式如下：

1、按照里程数。里程数的做法是相对比较公平。

2、固定发放。固定每一个月给一定的加班费，但是，不平衡。

3、申请不定时工作时间的，按照常理就没有加班费。

4、出车次数。司机正常上班，上班以外的加班,按加班费发放，规定个公里数，按出车次数算钱，做好记录。

5、出车时间。公司加班驾驶员当晚：18：00-次日早8：00,及法定节假日,为计算加班时间基准：每日超出正常工作时间,两小时视作一个加班。

【法律依据】《劳动法》第三十六条，国家实行,劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间,不超过四十四小时的工时制度。