公司破产债权纠纷处理程序如下：
公司依法定程序进行注销，要成立清算组进行公告清理债权债务，如果经公告，在45天内，债权人没有申请债权视为自动放弃。如果没有公告，没有进行清算，由股东来承担法律责任。可以查工商档案，档案中应该有该单位债权债务承受人，否则工商部门不会核准注销的。可以要求债权债务承受人承担责任。