企业公司的股东撤资进行清算有以下方式：
1.减少注册资金注销股权。
《公司法》第一百七十七条规定，公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。
公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
2.股权转让。
《公司法》第一百三十七条规定，股东持有的股份可以依法转让。