非上市公司股权转让主要区分两种情形，一是一般企业之间的股权转让二是全国中小企业股份转让系统中企业股权转让。
(一)一般企业之间的股权转让
由转让双方按万分之五的税率，适用“产权转移书据”税目缴纳印花税。
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》规定，财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。适用税率按所载金额万分之五贴花。
同时，《印花税暂行条例施行细则》第十六条规定，产权转移书据由立据人贴花，如未贴或者少贴印花，书据的持有人应负责补贴印花。所立书据以合同方式签订的，应由持有书据的各方分别按全额贴花。
(二)全国中小企业股份转让系统中企业股权转让
由出让方按1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
政策规定：全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》第十条
“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有全转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。