结论：分公司在持有营业执照的情况下，可以独立与总公司签订合同，但需确保交易公平合法，符合关联交易规范。

营业执照是关键

根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司虽不具备法人资格，但若依法登记并领取营业执照，可在核准的经营范围内独立开展业务活动（包括签订合同）。

例外：若分公司未领取营业执照，其法律行为需由总公司直接承担，无法独立签署合同。

关联交易的特殊要求

分公司与总公司之间的合同属于关联交易，需遵循公平原则，防止利益输送或损害第三方权益。例如，定价需参照市场标准，不得通过不合理条款转移利润或逃避税费。

权限与程序合法

授权范围：分公司签订合同的内容不得超出其营业执照登记的经营范围或总公司授权范围。

内部审批：总公司与分公司的交易需符合公司章程规定的决策流程，如涉及重大交易需经董事会或股东会审议。

合同效力认定

分公司以自身名义签署的合同，加盖分公司印章即有效，但最终民事责任仍由总公司承担。

司法案例参考：在金地格林天津分公司与总公司关联案件中，法院认定分公司在总公司授权下签订的合同合法有效（案号未公开）。

合规性审查

确保合同条款公平合理，避免违反《中华人民共和国公司法》第二十一条关于禁止关联交易损害公司利益的规定。

证据留存

保留交易定价依据（如同类市场价格证明）、内部审批文件等，以应对可能的法律争议或税务稽查。

明确权利义务

合同中需清晰界定分公司与总公司的权利义务，如付款主体、发票开具方式等，避免履行纠纷。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条 【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

《中华人民共和国公司法》第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。

《最高人民法院关于适用 《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（四）》第二十一条 有限责任公司的股东向股东以外的人转让股权，未就其股权转让事项征求其他股东意见，或者以欺诈、恶意串通等手段，损害其他股东优先购买权，其他股东主张按照同等条件购买该转让股权的，人民法院应当予以支持，但其他股东自知道或者应当知道行使优先购买权的同等条件之日起三十日内没有主张，或者自股权变更登记之日起超过一年的除外。 前款规定的其他股东仅提出确认股权转让合同及股权变动效力等请求，未同时主张按照同等条件购买转让股权的，人民法院不予支持，但其他股东非因自身原因导致无法行使优先购买权,请求损害赔偿的除外。 股东以外的股权受让人，因股东行使优先购买权而不能实现合同目的的，可以依法请求转让股东承担相应民事责任。