首先，您需要明确补充协议无效的法定情形，这是您提起诉讼的核心事实基础。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，补充协议作为民事法律行为的一种，只有符合法定无效情形时才会被法院认定为无效，具体包括：

无民事行为能力人实施的补充协议无效；

行为人与相对人以虚假的意思表示实施的补充协议无效，比如双方为了逃避债务而假意签订的补充协议；

违反法律、行政法规的强制性规定的补充协议无效，但该强制性规定不导致补充协议无效的除外；违背公序良俗的补充协议无效；

行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的补充协议无效。

同时，民事法律行为有效的一般条件，您可以反向对照您的补充协议是否存在不满足有效条件的情形，比如签订时您是否被欺诈、胁迫导致意思表示不真实，或者双方是否不具备相应的民事行为能力等。

在明确无效情形后，您需要满足法定的起诉条件，才能启动诉讼程序。起诉必须符合下列条件：

原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织：您需要是补充协议的签订主体，或者是该协议直接损害其合法权益的主体，比如补充协议恶意串通损害了您的利益，您才有权作为原告起诉；

有明确的被告：您需要明确指出补充协议的另一方主体的姓名、名称、住所等信息，确保法院能够送达诉讼文书；

有具体的诉讼请求和事实、理由：您的诉讼请求应当明确为“请求法院确认原被告双方于[具体日期]签订的《[补充协议名称]》无效”，同时需要围绕您主张的无效情形，陈述具体的事实（比如对方如何欺诈您、协议内容违反了哪条法律规定等）和对应的理由；

属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：确认补充协议无效属于民事诉讼的受案范围，您需要根据法律规定选择有管辖权的法院，一般是被告住所地或者补充协议履行地的人民法院。

接下来，您需要准备具体的起诉材料并完成立案流程。起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。具体的材料准备包括：

起诉状：需要写明原被告的基本信息、您的诉讼请求、事实与理由、证据清单等内容；

证据材料：这是支撑您主张的关键，您需要准备补充协议原件、主合同（如果补充协议是依附于主合同的）、能够证明无效情形的证据（比如欺诈的聊天记录、胁迫的录音、协议内容违反法律规定的条文依据、恶意串通的证据等），并按照被告人数提交副本；

您的身份证明材料：如果是个人需要提供身份证复印件，如果是法人或者其他组织需要提供营业执照、法定代表人身份证明等材料。

在完成材料准备后，您可以选择到有管辖权的法院立案庭现场提交材料，或者通过当地的网上立案平台提交电子材料。法院在收到您的起诉状和材料后，会在七日内审查是否符合起诉条件，如果符合条件会予以立案，并通知您缴纳诉讼费，之后会将起诉状副本送达被告，安排开庭审理。

需要特别提醒您的是，如果您主张补充协议无效，但法院认为补充协议可能不成立的，会将合同是否成立作为焦点问题进行审理，因此您在起诉前也需要确认补充协议本身是否已经成立（即双方是否已经签字盖章、是否就核心内容达成一致等），避免因协议不成立而影响您的无效主张。另外，法院在审理时会对合同条款进行解释，如果条款有两种以上解释可能影响效力的，会优先选择有利于合同有效的解释，因此您需要提供充分的证据证明补充协议确实存在法定无效的情形，而不是仅仅主张条款对您不利。

如果您在准备材料或者梳理事实的过程中遇到困难，建议您携带相关材料咨询专业的律师，以便更精准地维护您的合法权益。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条 【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

《中华人民共和国民法典》第一百四十四条 【无民事行为能力人实施的民事法律行为的效力】无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。

《中华人民共和国民法典》第一百四十六条 【虚假表示与隐藏行为的效力】行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。

《中华人民共和国民法典》第一百五十三条 【违反强制性规定及违背公序良俗的民事法律行为的效力】违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。

《中华人民共和国民法典》第一百五十四条 【恶意串通的民事法律行为的效力】行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条 起诉必须符合下列条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;
(二)有明确的被告;
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条 起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。

《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》合同编通则若干问题的解释》第三条 当事人对合同是否成立存在争议，人民法院能够确定当事人姓名或者名称、标的和数量的，一般应当认定合同成立。但是，法律另有规定或者当事人另有约定的除外。根据前款规定能够认定合同已经成立的，对合同欠缺的内容，人民法院应当依据民法典第五百一十条、第五百一十一条等规定予以确定。当事人主张合同无效或者请求撤销、解除合同等，人民法院认为合同不成立的，应当依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十三条的规定将合同是否成立作为焦点问题进行审理，并可以根据案件的具体情况重新指定举证期限。