一、公司被注销入股协议还有效吗

公司清算结束，办理注销登记后，公司就会终止，公司终止后，签订的入股协议一般无效。但公司在注销前，要处理入股协议。

《中华人民共和国公司法》

第一百八十六条 【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

第一百八十八条 【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

二、公司注销的程序怎么进行

1、公司内部作出解散决议。

公司股东会作出公司解散的决议，决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。 股东会作出公司解散决议后15日成立清算组。清算开始之日起十日内，书面通知登记机关、税务部门、劳动部门及开户银行。

2、到工商局申请进行清算。

首先，工商行政管理局领取《清算指南》、《清算报告书写格式》、《清算备案申请书》等表格，办理清算组备案;其次，局认可的报刊上刊登清算公告;再次，制作清算开始日的资产负债表和财产清单。

3、办理国税、地税完税证明。

4、完成清算分配方案。

首先，清算公告满三个月后，制作清算结束日的资产负债表和财产清单;其次，制作清算分配方案;再次，由清算组制作清算报告、清算期内收支报表和各种财务帐册，报股东确认。

5、到工商部门办理注销登记公司法律人格的的成立和消灭都以登记为要件，完成清算程序之后，只有进行注销登记，公司的债权债务才会消灭。

法律依据

《公司法》第一百八十六条 【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

《公司法》第一百八十九条 【清算组成员的义务与责任】清算组成员应当忠于职守，依法履行清算义务。
清算组成员不得利用职权收受贿赂或者其他非法收入，不得侵占公司财产。
清算组成员因故意或者重大过失给公司或者债权人造成损失的，应当承担赔偿责任。