一、主债务人消灭,抵押权还有效吗？

主债务人消灭,抵押权无效。

抵押权作为一种物的担保形式，具有从属性，不得与其担保的主债权分离。主债务人消灭,抵押权无效。

主债权诉讼时效期满后，抵押权人丧失的是抵押权受法院保护的权利即胜诉权，抵押权本身并未消灭。因胜诉权的丧失一般等同于权利消灭的效果。

根据《民法典》规定，设立担保物权，应当依照本法和其他法律的规定订立担保合同。担保合同包括抵押合同、质押合同和其他具有担保功能的合同。担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。

抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权;未行使的，人民法院不予保护。

二、如何清除债务？

债务合法清除的方式分为以下几种：

1.债的履行。清偿，亦即履行，是指债务人按照法律的规定或者合同的约定向债权人履行义务。债务人向债权人为特定行为，从债务人方面说，为给付;从债权人方面说，为履行;从债的消灭上说，为清偿。

2.抵销。抵销是指当事人双方相互负有相同种类的给付，将两项债务相互冲抵，使其相互在对等额内消灭。抵销债务，也就是抵销债权。

3.债的解除。即合同有效成立后，因一方当事人的意思表示或双方的协议而导致债的消灭。

4.提存。这是指债务人在债务履行期届满时，将无法给付的标的物交提存机关，以消灭债务的行为。

5.债务免除。这是指债权人抛弃债权，而使债务人的债务消灭的单方的民事法律行为。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第三百八十八条 【担保合同与主合同的关系】设立担保物权，应当依照本法和其他法律的规定订立担保合同。担保合同包括抵押合同、质押合同和其他具有担保功能的合同。担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。
担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。

《中华人民共和国民法典》第四百一十九条 【抵押权存续期间】抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权;未行使的，人民法院不予保护。