元旦后入职工资的计算方法如下：
按照五天标准工作制，这个月共23个计薪日，但是日工资=工资总额/21.75，所以计算的时候会出现差异。比如最后只上班1天，等于缺勤22天，也不会倒扣工资。那么你的出勤日就是：20天，缺勤3天（1、2、3）。你的工资就是日工资*17（这个算法等于只扣了你4.75天缺勤，少扣你1.25天缺勤）。如果能按照23天，计算日工资，只要公司计算计薪日的口径一致，这个数额以后会补回来的。
所以说，元旦后入职的工资会扣除元旦期间的福利，只计算你入职后工作时间的工资。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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