发生了医疗事故争议医院的处理如下：
第一，当发生或者发现医疗过失、医疗事故可能引起医疗争议时，当事者立即向科室负责人报告，科室负责人在24小时之内向医疗服务监控办公室或总值班汇报，接到报告后应立即进行调查、核实，并将有关情况向监控委员会主要负责人汇报，发生医疗事故的按规定向卫生行政部门报告，发生患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故，导致三人以上人身损害的，应在12小时内向卫生行政部门汇报。
第二，已发生或者发现医疗过失行为的，当事人在按规定程序上报同时，由科室或者院部组织最强技术力量，及时采取有效措施，避免或者减轻对患者身体健康的损害防止损害扩大。
第三，发生医疗事故争议时，对疑似输液、输血、注射、药物等引起不良反应，有关人员应及时报告医务科，并组织有关人员会同患方对现场实物封存和启封，需检验的，由双方指定的检验机构检验。
第四，对发生患者死因不明或对死因有异议的，应告知患方在规定时间内提出尸检申请，拒绝尸检的，应让患者家属签字，如拒绝签的，院方应当如实记载，并记录在场的其他证人。
第五，凡发生医疗事故争议时，当事人必须将事情详细经过以书面形式陈述，经科室讨论，分析原因，写出定性结论，并以书面形式在2天内交医务科，并提交医疗安全管理委员会讨论，予以责任认定和提出整改措施。
法律依据
《医疗事故处理条例》第十三条 医务人员在医疗活动中发生或者发现医疗事故、可能引起医疗事故的医疗过失行为或者发生医疗事故争议的，应当立即向所在科室负责人报告，科室负责人应当及时向本医疗机构负责医疗服务质量监控的部门或者专(兼)职人员报告;负责医疗服务质量监控的部门或者专(兼)职人员接到报告后，应当立即进行调查、核实，将有关情况如实向本医疗机构的负责人报告，并向患者通报、解释。
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