拖欠工程款两年的话,那么只能通过诉讼的方式来追回。
具体而言,两年还在诉讼时效期限内,通过起诉是比较有效的,而胜诉之后,如果欠款方拒不履行法院的判决,则可以向法院申请强制执行,在法院受理强制执行后,会依法查询对方名下的房产、车辆、证券和存款。从而保障工程款能够顺利追讨回来。

法律依据

《中华人民共和国劳动法》第七十九条 劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

《劳动保障监察条例》第十一条 劳动保障行政部门对下列事项实施劳动保障监察： (一)用人单位制定内部劳动保障规章制度的情况； (二)用人单位与劳动者订立劳动合同的情况； (三)用人单位遵守禁止使用童工规定的情况； (四)用人单位遵守女职工和未成年工特殊劳动保护规定的情况； (五)用人单位遵守工作时间和休息休假规定的情况； (六)用人单位支付劳动者工资和执行最低工资标准的情况； (七)用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况； (八)职业介绍机构、职业技能培训机构和职业技能考核鉴定机构遵守国家有关职业介绍、职业技能培训和职业技能考核鉴定的规定的情况； (九)法律、法规规定的其他劳动保障监察事项。

《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第十三条 劳动者依据劳动合同法第三十条第二款和调解仲裁法第十六条规定向人民法院申请支付令，符合民事诉讼法第十七章督促程序规定的，人民法院应予受理。 依据劳动合同法第三十条第二款规定申请支付令被人民法院裁定终结督促程序后，劳动者就劳动争议事项直接提起诉讼的，人民法院应当告知其先向劳动争议仲裁机构申请仲裁。 依据调解仲裁法第十六条规定申请支付令被人民法院裁定终结督促程序后，劳动者依据调解协议直接提起诉讼的，人民法院应予受理。