旷工三天扣除全部工资不合理。劳动者旷工三天，用人单位可以拒绝支付旷工期间的工资，构成用人单位经济损失的，可以通过扣除工资补偿损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。旷工三天属于严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以单方面解除劳动合同，在解除劳动合同时一次性付清劳动者工资。
法律依据
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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