建设工程合同纠纷也是合同纠纷当中的一种，它和其它的纠纷一样都需要确定管辖法院，当事人可以向有管辖权的人民法院起诉。根据有关法律的规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖，由不动产所在地人民法院管辖。

法律依据

《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条 民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。 农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。 不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。