单位不怕员工劳动仲裁。
劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人请求仲裁的劳动争议居中公评与判决。在我国,劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序。劳动仲裁对公司与职工都有约束力,因而,不存在公司怕职工劳动仲裁的说法。一般情况下，公司是怕被人向劳动局投诉的，后果可能包括会对企业的诚信度产生不利的影响;一般都会产生法律成本或不利法律后果;会影响企业的凝聚力和向心力，对企业的生存与发展产生消及影响。

法律依据

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。