员工因未休年假而取得的工资不能采用全年奖金的方法计算个人所得税。根据国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知(国税发〔2005〕9号)的规定,全年一次性奖金(包括年终加薪、实行年薪制和绩效工资办法的单位根据考核情况兑现的年薪和绩效工资)是指行政机关、企事业单位等扣缴义务人根据其全年经济效益和对雇员全年工作业绩的综合考核情况,向雇员发放的一次性奖金,单独作为一个月工资、薪金所得,按照国税发〔2005〕9号规定的方法计算纳税。因此,员工因未休年假而取得的工资不能采用全年奖金的方法计算个人所得税。
根据《劳动合同法》的规定,只要未按法律签订劳动合同,均应向劳动者支付双倍工资。《劳动合同法》第四十六条规定,用人单位提出解除劳动合同并与劳动者协商一致的,应向劳