向人民法院起诉确认股东股权的流程：提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本；提交证据材料；案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，办理立案手续；当事人预交案件受理费和其他诉讼费用；立案手续后，案件由法院排期开庭。
法律分析：公司股东扰乱公司经营违法。公司的合法权益受法律保护，不受侵犯。如果有证据证明恶意破坏正常生产秩序的，可以向公安机关报案，造成损失金额较大的，可能涉嫌破坏生产经营罪，另外，公司也可以起诉该股东要求停止侵害、赔偿损失。
出资方式可以变更。但需要经召开股东大会，经代表三分之二以上表决权的股东通过。因为我国法律规定，股东出资方式应当载明于公司章程中，而变更公司章程必须召开股东大会，经代表三分之二以上表决权的股东表决通过。
法律分析：公司股东撤股的流程：首先请求公司收购其拥有的股权。当公司的股东要退出时，应该请求公司以合理的价格收购其拥有的股权。如果股东不能与公司达成一致，那么股东可以自股东会会议决议通过之日起90日内，向人民法院提起诉讼请求。
当股东瑕疵出资，经公司催讨后补足，可以认其股东资格。未补足的，即使该股东未抽逃全部出资，公司章程中可规定股东会在保留其股东资格的前提下，解除与其抽逃出资额相应的股权。
新公司法对股东人数有以下规定：1、公司法第二十四条规定，有限责任公司由五十个以下股东出资设立，设立有限责任公司应当具备符合法定人数的股东；2、第七十八条规定，设立股份有限公司，应当有二人以上二百人以下为发起人，其中须有半数以上的发起人在中国境内有住所。
股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的，各自所认缴的出资额，公司股东未履行出资责任的，公司或者股东可以要求他履行出资的义务，若对方不肯履行，那么到法院起诉处理，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
公司担保过半数股东同意即可。
股东可以这样合理退股： 1、通过股权转让的方式退股； 2、依据公司章程和股东会议决议解散公司来退股； 3、异议股东股权收购请求权。在公司拒绝收购股东符合法定退股条件的股份时，股东可以向人民法院提起诉讼。
股东瑕疵出资一般可以认定其股东资格。但股东应当在合理期间内按照规定履行出资义务，经催告后仍不履行的，公司可以通过股东会决议解除该股东的股东资格。
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