补充侦查两次证据不足的，检察院应当作出不起诉的决定。
法律分析：证据不足的案件的处理方式如下：1、审查起诉阶段的，应当作不起诉决定；2、一审阶段的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决；3、二审阶段的，可以在查清事实后改判；也可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
根据交通法规定，酒驾的一般不会扣车，酒驾造成交通事故的，可能会被交警扣车，以收集证据，自检验报告、鉴定意见确定之日起五日内，公安机关交通管理部门应当通知当事人领取扣留的事故车辆。
在公安机关侦查期间，证据不足的案子，公安机关可以直接释放人；如果是在检察起诉阶段发现证据不足，检察院可以做不起诉决定，然后要求公安机关放人。如果法院审判阶段认定为证据不足，可以判决无罪，然后释放。
法律分析：证据不足，驳回诉讼请求，意思是，原告提出的诉讼理由，没有足够的事实依据加以证明，或者不能提供有效的证据来支持诉讼理由。因为没有事实证据，法院不支持原告的诉讼请求，拒绝受理。
检察院批捕后证据不足的处理办法：1、自诉人可以向检察院或法院了解情况，对相关证据予以补充；2、检察院可以退回公安机关补充侦查或自行侦查，二次补充侦查后如果仍认为证据不足无法起诉的，应作出不予起诉决定；3、法院经审查仍然认为证据不足的，应驳回起诉。
如果在审判时证据不足的，法院应当判决为无罪。同时，检察院可以提起抗诉，被害人及其法定代理人不服地方各级人民法院第一审的判决的，自收到判决书后五日以内，也有权请求人民检察院提出抗诉。
拘留以后如果检察院认为证据不够充足，可能做出不予批准逮捕的决定，那么对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或者监视居住。
1、可以委托律师审核现有的证据并在律师的帮助相应补充证据； 2、你可以在立案后直接向法院申请调查相关证据； 3、涉及刑事案件的，可以委托律师向公安机关调取你向公安机关报案的电话及证据；如果公安机关不予以立案的，你还可以请求检察院行使法律监督职责。
告别人强奸证据不足的，公安机关会制作起诉意见书连同其他材料移送到检察机关，由检察机关决定起不起诉； 而检察机关审查材料后，证据确实不足的，一般会作出不起诉的决定，如果被害人对不起诉决定不服的，可以在收到决定书七日内申请申诉。
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