这时，仲裁条款的效力，由法院裁定。
根据我国仲裁法的有关规定，仲裁协议是独立存在的，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。如果当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求法院作出裁定的，由法院裁定。你所在公司要求仲裁委员会对你们与商贸公司合同中的仲裁条款效力作出裁定，而商贸公司要求法院对此作出裁定，在这种情况下，应该由法院裁定仲裁条款的效力。