1、因竞业禁止纠纷涉及到企业与员工的关系，如果企业从竞业禁止条款或协议的角度，要求员工承担违约责任，支付违约金，应当作为劳动纠纷处理；先由劳动争议仲裁委员会进行处理，要是对处理结果不服的话，可以提起劳动诉讼。
2、若企业以违反竞业禁止为由起诉新用人单位不正当竞争，此时违反竞业禁止已经成为侵犯他人权利的手段，应作为不正当竞争案件由人民法院审理。