各地的劳动人事争议仲裁和人民法院对劳动关系法律方面的理解和运用不同程度存在差异，由此产生了你所说的仲裁已确认的劳动关系在一审时被推翻的情况出现，一审法院不认为是劳动关系没有关系，你能做的有两种选择：一是上诉二审法院，这个方法为下策，一审不认可的劳动关系，二审估计也是一样，一个地区的法院对同一劳动关系方面问题的认知应该基本相同；二是按民事纠纷在一审法院起诉，维护自己的合法权益。祝成功！