对于因疫情未能返回复工的员工，企业进行管理的方式是企业复工后，仍因疫情无法及时返穗复工的，经企业与职工协商一致，职工可享受带薪年休假 职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入；若职工未复工时间较长的，企业与职工双方可以进行协商，如待岗、待岗期限、待岗期间生活费等。根据《劳动合同法》第二十九条，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。