公司恶意拖欠货款的处理办法有：签订还款协议。如果对方并不抵赖，只是拖延还款，那么可以与其签订还款协议，明确还款的方式和期限或向法院提起诉讼，起诉同时进行财产保全。

公司恶意拖欠货款的处理方法具体如下：

1.代理律师接受委托代为追讨货款期间，当事人未经代理律师同意不得撤回委托。

2.当事人擅自撤回委托的，当事人应赔偿代理律师为追讨货款实际支付的费用以及期待利益损失，包括但不限于代理律师在当地合作代理律师事务所或追债机构所实际支出的费用。

《民法通则》第一百零八条规定，债务应当清偿。暂时无力偿还的，经债权人同意或者人民法院裁决，可以由债务人分期偿还。有能力偿还拒不偿还的，由人民法院判决强制偿还。

3.代理律师可采取电话追讨、函件追讨、出具代理律师函、诉讼、仲裁等方式帮助当事人追讨货款。等等。