土地使用权发证机关是政府机关发行的，土地是归集体所有的，应该是让土地使用者向所在地的县政府有关部门即土地行政主管部门提出申请颁发土地使用权证此外是国有土地的，可以向国务院申请，通过划拨或者出让的方式获得土地使用权证。

【法律依据】

《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。

农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。