工伤认定公司不配合的，员工或者其直系亲属、工会组织可以申请工伤认定。

法律依据：《工伤保险条例》第十七条：用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属；

工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。