国有独资公司变更登记程序如下（以名称变更为例）：

1、自变更决议或决定作出之日起30日内申请公司名称变更登记；

2、向公司登记主管机关提交下列文件：

（1）公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》；

（2）公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》及指定代表或委托代理人的身份证复印件；

（3）公司章程修正案；

（4）公司名称预先核准通知书；

（5）法律、行政法规和国务院决定规定变更名称必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证书复印件；

（6）公司营业执照正副本。