根据《中华人民共和国民事诉讼法》和最高人民法院相关司法解释，主合同和从合同都有独立管辖约定时，处理的核心规则如下：

尊重当事人意思自治，分别认可两份合同管辖约定的效力

合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。

只要主合同和从合同的管辖约定都符合上述要求，均合法有效，分别对应当事人就不同合同产生的争议。

原告有权选择管辖法院

两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以选择向其中一个有管辖权的人民法院起诉。若管辖协议可以确定管辖法院，从其约定；若基于主从合同约定同时存在多个有效管辖连接点，起诉的一方（通常为原告）可以自主选择管辖法院。

结合司法实践，针对不同争议场景，具体处理方式如下：

如果争议仅涉及主合同履行，不涉及从合同责任，应当按照主合同的管辖约定确定管辖法院，从合同管辖约定不影响主合同争议管辖。

如果争议仅涉及从合同履行，应当按照从合同的管辖约定确定管辖法院。比如债权人仅起诉担保人，直接依照担保合同（从合同）约定的管辖条款确定管辖即可。

当债权人同时起诉主合同债务人和担保人时，应当根据主合同约定确定管辖法院，这是因为从合同依附于主合同产生，争议审理需要依附于主合同，因此应当依从主合同管辖约定。

起诉前先确认管辖有效性：提前核实主、从合同的管辖约定是否违反级别管辖、专属管辖的规定，若存在无效情形，直接按照民事诉讼法一般管辖规则（被告住所地、合同履行地）确定管辖法院即可。

原告可优先选择便利己方的管辖法院：如果主、从合同管辖约定都合法有效且原告同时主张主从合同权利，根据现有规则，若存在多个法院都有管辖权，原告可以选择对自己更便利的法院起诉。

若受理法院认为案件不属于本院管辖，受理案件的法院会依法将案件移送至有管辖权的法院，当事人也可以在答辩期内提出管辖权异议维护自身权利。法

法律依据

《中华人民共和国民事诉讼法（2017修订）》第三十条 海损事故管辖
因船舶碰撞或者其他海事损害事故请求损害赔偿提起的诉讼，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法（2017修订）》第三十五条 共同管辖
两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以向其中一个人民法院起诉;原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法（2017修订）》第三十六条 移送管辖
人民法院发现受理的案件不属于本院管辖的，应当移送有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。

《中华人民共和国民事诉讼法（2017修订）》第三十七条 指定管辖
有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决;协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。