当发生行政赔偿案件的时候，被告就是做出行政行为的行政主体。
行政诉讼法关于被告的规定与国家赔偿法关于赔偿义务机关的规定基本上是一致的，但有些规则又不尽相同。
前者规定，经过复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，作出原具体行政行为的行政机关是被告，复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告；
后者规定，经行政复议机关复议的，最初造成侵权行为的行政机关为赔偿义务机关，但复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。
对于复议机关维持原具体行政行为的案件，两个法律确定被告的规则是相同的。
复议机关变更原具体行政行为的，可分为两种情况：
(1)复议决定没有加重受害人的损害；
(2)复议决定加重了受害人的损害。
如果把两个法律的规定结合起来使用就会出现这样的矛盾；
在前一种情况下，复议机关不履行赔偿义务，但是应当作为被告；
作出原具体行政行为的行政机关依法不需作被告，但应当履行赔偿义务。
行政诉讼法为一般法律规范，国家赔偿法的规定为特别法律规范。
法院在审理复议决定加重原具体行政行为的损害的行政赔偿诉讼案件时，可以根据国家赔偿法规定的精神，以复议机关和作出原具体行政行为的机关为共同被告。
在后一种情况下，复议机关应当作被告，但它只对复议决定加重损害的部分履行赔偿义务，对原具体行政行为造成的损害不负责；
作出原具体行政行为的行政机关应当履行部分赔偿义务，但它无权作为行政赔偿诉讼被告参加诉讼。
事实上，这种冲突属于一般法与特别法的冲突。

法律依据

《最高人民法院关于国家赔偿案件立案工作的规定》第一条 本规定所称国家赔偿案件，是指国家赔偿法第十七条、第十八条、第二十一条、第三十八条规定的下列案件： (一)违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的; (二)对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的;(三)二审改判无罪，以及二审发回重审后作无罪处理的; (四)依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的;(五)刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的; (六)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的;(七)在刑事诉讼过程中违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施的; (八)依照审判监督程序再审改判无罪，原判罚金、没收财产已经执行的; (九)在民事诉讼、行政诉讼过程中，违法采取对妨害诉讼的强制措施、保全措施或者对判决、裁定及其他生效法律文书执行错误，造成损害的。