进行土地纠纷调解的程序是：先由当事人协商解决，协商不成再申请由人民政府处理，当事人对人民政府处理决定不服的，可向人民法院起诉。

1.若争议各方当事人经协商取得一致意见，就签订土地权属协议书，即具有法律效力，但注意协议不得损害第三方利益，包括国家利益，否则协议无效。

2.协商不成，则由当事人向土地管理部门提出处理申请;土地管理部门接到申请后15日内决定是否受理;进行调查取证;在查清事实、分清责任的基础上先行调解;调解不成，由土地管理部门提出处理意见，报人民政府做出处理决定对处理决定不服，可申请行政复议或提起行政诉讼;最后报上一级人民政府土地管理部门备案。

【法律依据】

《土地管理法》第十六条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。