员工生病住院期间工资的计算方式，主要取决于其是否因工负伤以及医疗期的长短。

如果员工因病或非因工负伤需要停止工作医疗，根据《中华人民共和国劳动保险条例》第十三条乙款的规定，处理方式如下：

连续医疗期在六个月以内：员工在此期间的工资，按其本企业工龄的长短，由企业行政方面或资方发给病伤假期工资。具体数额为本人工资的60%至100%。例如，连续工龄不满两年者，病假工资为本人工资的60%；连续工龄满两年不满四年者，则为70%；以此类推，直至满六年不满八年者，为90%；满八年及八年以上者，则为100%。

连续医疗期超过六个月：在此情况下，改由劳动保险基金项下按月支付疾病或非因工负伤救济费。具体数额为本人工资的40%至60%。例如，连续工龄不满一年者，疾病救济费为40%；满一年不满三年者，为50%；满三年及三年以上者，则为60%。

如果员工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗，根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，但伤情严重或情况特殊时，经劳动能力鉴定委员会确认，可适当延长，但不得超过12个月。

法律依据

《《工伤保险条例》》第三十三条 职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。 停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。 工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。

《《中华人民共和国劳动保险条例》》第十三条 疾病、非因工负伤、残废待遇的规定： 甲、工人与职员疾病或非因工负伤，在该企业医疗所、医院、特约医院或特约中西医师处医治时，其所需诊疗费、手术费、住院费及普通药费均由企业行政方面或资方负担；贵重药费、住院的膳费及就医路费由本人负担，如本人经济状况确有困难，得由劳动保险基金项下酌予补助。患病及非因工负伤的工人职员，应否住院或转院医治及出院时间，应完全由医院决定之。 乙、工人与职员因病或非因工负伤停止工作医疗时，其停止工作医疗期间连续在六个月以内者，按其本企业工龄的长短，由该企业行政方面或资方发给病伤假期工资，其数额为本人工资百分之六十至百分之一百；停止工作连续医疗期间在六个月以上时，改由劳动保险基金项下按月付给疾病或非因工负伤救济费，其数额为本人工资百分之四十至百分之六十，至能工作或确定为残废或死亡时止。详细办法在实施细则中规定之。 丙、工人与职员因病或非因工负伤医疗终结确定为残废，完全丧失劳动力退职后，病伤假期工资或疾病非因工负伤救济费停发，改由劳动保险基金项下发给非因工残废救济费，其数额按下列情况规定之：饮食起居需人扶助者为本人工资百分之五十，饮食起居不需人扶助者为本人工资百分之四十，至恢复劳动力或死亡时止；部分丧失劳动力尚能工作者不予发给。关于残废状况的确定与变更，适用第十二条丙款的规定。 丁、工人与职员疾病或非因工负伤痊愈或非因工残废恢复劳动力后，经负责医疗机关提出证明，该企业行政方面或资方应给予适当工作。 戊、工人与职员供养的直系亲属患病时，得在该企业医疗所、医院、特约医院或特约中西医师处免费诊治，手术费及普通药费，由企业行政方面或资方负担二分之一，贵重药费、就医路费、住院费、住院时的膳费及其他一切费用，均由本人自理。