当发现实际工资低于合同工资时，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

首先，建议与用人单位进行友好协商，指出实际工资与合同工资不符的情况，并要求用人单位按照劳动合同的约定补发工资。协商是解决此类问题的首选方式，因为它既快速又经济。

如果协商无果，员工可以向当地的调解组织（如劳动争议调解委员会）申请调解。调解组织会帮助双方进行协商，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案。

如果调解仍然无法解决问题，员工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法进行裁决，要求用人单位按照劳动合同的约定支付工资。如果用人单位拒绝执行裁决，员工可以向法院申请强制执行。

员工还可以向当地的劳动监察部门投诉用人单位的违法行为。劳动监察部门有权对用人单位进行调查，并依法对违法行为进行处罚。

在整个过程中，员工应妥善保存与工资相关的证据，如工资单、劳动合同、工资发放记录、考勤记录等。这些证据在申请调解、仲裁或投诉时都非常重要，有助于证明自己的权益。

如果用人单位未按照劳动合同的约定支付工资，根据《劳动合同法》第八十五条的规定，劳动行政部门可以责令用人单位限期支付劳动报酬，并可能要求用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。此外，如果用人单位的行为构成严重违法，员工还可以要求与用人单位解除劳动合同，并要求用人单位给予一定的经济补偿。

综上所述，当发现实际工资低于合同工资时，员工应首先与用人单位协商，并考虑采取上述措施来维护自己的合法权益。在整个过程中，保持冷静和理性，并妥善保存相关证据是非常重要的。

法律依据

《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金： （一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的； （二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的； （三）安排加班不支付加班费的； （四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

《中华人民共和国劳动合同法》第十七条 劳动合同应当具备以下条款：（一）用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；（二）劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；（三）劳动合同期限；（四）工作内容和工作地点；（五）工作时间和休息休假；（六）劳动报酬；（七）社会保险；（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护；（九）法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。