如果劳动仲裁单位不承认劳动关系，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：

首先，申请调解。根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解，尝试通过调解解决争议。

其次，申请仲裁。如果调解不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由仲裁委员会对劳动关系进行确认。根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条以及《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系发生的争议属于劳动争议，适用仲裁程序。

最后，提起诉讼。如果对仲裁裁决不服，劳动者可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，由法院对劳动关系进行最终确认。根据《中华人民共和国劳动法》第八十三条，劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

在申请仲裁或提起诉讼时，劳动者需要提供能够证明劳动关系的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于仲裁机构或法院确认劳动关系的存在。

综上所述，劳动仲裁单位不承认劳动关系时，劳动者可以通过申请调解、申请仲裁和提起诉讼等步骤来维护自己的权益，并准备好相关证据以证明劳动关系的存在。

法律依据

《中华人民共和国劳动法》第七十九条 劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国劳动法》第八十三条 劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。一方当事人在法定期限内不起诉又不履行仲裁裁决的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。

《《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法： （一）因确认劳动关系发生的争议； （二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议； （三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议； （四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议； （五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议； （六）法律、法规规定的其他劳动争议。